地方猪种质纯度及家系组成基因组鉴定技术
发布时间：2021-06-15
技术领域：养殖业
技术概述：（一）技术概述：针对地方猪种质纯度和家系组成鉴定存在困难等问题，研发地方猪种质纯度及家系组成基因组鉴定技术。通过对个体基因组进行芯片杂交，检测单核苷酸突变位点（SNPs），进行基因分型；根据个体基因型进行种群遗传多样性、种质纯度、亲缘关系、家系组成和近交程度等分析；根据个体亲缘关系和家系结果，制定科学的选留、选配计划，为地方猪保种和利用提供详细、准确的参考信息。本技术能够解决地方猪保种及选育过程中存在的以下关键问题：（1）品种的种质纯度不清楚；（2）种群家系数量和组成混乱；（3）种群近交程度不清楚；（4）选种和选配计划不科学。 “地方猪种质纯度及家系组成基因组鉴定技术”自2015年以来已单独或作为其他技术的核心内容，在安庆六白猪、皖南黑猪、霍寿黑猪、圩猪、皖北猪和皖南花猪等品种中推广应用。采集了2300头个体的基因组，涉及公猪家系55个，核心群基础母猪2180头，制定了15份核心群选留计划，编制了10份选配计划表。通过该技术的示范应用，种群近交增量得到了有效控制，主选性状年度进展5%－10%左右，取得了较好的示范效益和经济效益。 （二）提质增效情况：通过在安徽省部分地方猪场推广应用，结果显示和常规技术相比，本技术在规范保种程序、制定选育计划、提升种质性能、加快世代进展及节本增效等方面均取得了显著的效果：（1）种质纯度鉴定准确率99%；（2）家系组成鉴定准确率98%；（3）能够准确计算出种群近交系数；（4）能够制定出科学的选留及选配计划；（5）能够计算出有效群体含量（Ne）、杂合度（He）等群体遗传学关键参数。地方猪场依据以上结果获得准确的种群来源及家系组成信息，不断优化育种目标和选育方案，操作程序符合省级种畜禽生产经营许可要求。各品种主选性状进展明显，母猪年生产力（PSY）年度进展0.5－1.1头；30－100千克日增重年度进展5%－10%；核心群年更新率15%－30%，优秀种公猪利用率100%。通过该技术的推广应用，地方猪综合养殖成本下降10%－15%、综合养殖效益提升20%－25%。
技术要点：
本技术基于基因组芯片杂交技术，鉴定地方猪种质纯度及家系组成，为地方猪保种、选育及杂交利用提供科学信息。主要技术流程及要点如图1<img alt="" src="/upload/20210622/ddfc31e2cf13abc6e631f65a814cf0f8.png" style="height:654px; width:1032px" />： 1、基因组样品准备。采集地方猪个体的耳组织（或血液、精液、体细胞等）样本3－5克，75%酒精保存，冷链运输至检测实验室。 2、样本DNA提取及纯化。耳组织等样本充分破碎研磨，采用试剂盒流程提取样本DNA，然后检测DNA样本的浓度和质量。 3、建库及芯片杂交。对DNA进行提纯，然后进行芯片杂交，接着清洗去掉非特异性结合的DNA，对剩下特异性结合的位点进行单碱基延伸，染色后利用Illumina iScan Reader芯片扫描仪进行扫描。 4、结果获取及分析流程。得到SNP数据后进行质控得到有效位点，然后进行群体有效含量（Ne）、观察杂合度（HO）等群体遗传学参数分析；通过基因组关系矩阵（克矩阵）进行群体亲缘关系分析，构建公猪家系聚类，重建群体家系结构；基于长纯合片段（ROH）分析得到种群近交系数。
适宜区域：本技术适宜在安徽省地方猪保种场（资源场、保护区）推广应用；同时，从事地方猪研究、开发、推广及管理决策等的相关机构可参考使用。
注意事项：尽量从核心群选取采样个体，同时应尽可能详细记录个体表型信息，兼顾公猪和母猪。样本务必低温保存（－20℃或－80℃），冷链运输（0℃或－20℃）。 本技术是基于基因组信息分析，在实际保种、选育应用过程中，要充分结合个体体型外貌、性能表现及生产实际科学合理使用分析结果。
支撑单位：（一）安徽农业大学（二）安徽省生猪产业技术体系
联系人：（一）安徽农业大学 联系地址：安徽农业大学 邮政编码：230036 联 系 人：张晓东 联系电话：15055138374 电子信箱：xdzhang1983@163.com （二）安徽省生猪产业技术体系 联系地址：安徽省生猪产业技术体系 邮政编码：230036 联 系 人：殷宗俊 联系电话：13866191465 电子信箱：yinzongjun@ahau.edu.cn
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备注信息：安徽省2021年主推技术
